Les Naruto Shippuden se déroulent 3 ans après que Naruto soit parti s'entraîner intensivement avec Jiraya (dans le but de récuperer Sasuke, son meilleur ami) Et donc, Naruto retourne à son village natale, Konoha, où il retrouvera pour la première fois depuis 3 ans ses amis (Sakura, Kakashi, Iruka...). Durant son entrainement, Naruto a acquis plus de puissance, nouvelle technique, plus de maturité, et a grandi. Pour rappel, Naruto veut absolument récupérer Sasuke des griffes d'Orochimaru, et donc, c'est la suite de la pousuite de Sasuke.
Bien-sûre, après 3 ans, il n'y a pas que Naruto qui a changé, mais également tous ceux qui l'entourent,(que se soit au niveau vestimentaire ou au niveau puissance) et donc, Sasuke aussi a doublé de puissance. Vous vous doutez bien que s'il n'y avait que Sasuke à récupérer, l'histoire serait trop courte, mais heureusement, entre temps il y a l'organisation la plus puissante au monde, qui se nomme Akatsuki (on en a entendu un peu parler dans les Naruto), qui viendra s'ajouter aux problêmes de nos ninjas de Konoha. Au niveau des personnages en eux-mêmes, ils ont tous redoublé de puissance et de vitalité, se sont fais un style bien à eux, et ont tous forgé un caractère bien à eux.